膠塞是西林瓶凍干中的瓶塞，因此其潔凈程度必須符合制藥的要求。膠塞處理主要是采用純凈無熱源的注射用水洗滌去除其表面的雜質微粒并稀釋膠塞表面熱源物質到檢測符合要求的指標以下。
膠塞清洗時，逐步將污染物和吸附于膠塞表面的不溶性顆粒清洗下來，隨著清洗過程的延續，膠塞表面不斷受到摩擦而受損，清洗時間越長機械損傷越嚴重。因此膠塞的清洗方法決定膠塞的損傷速度和程度，應選擇無損傷的膠塞清洗方法。
無損傷的膠塞清洗方法就是膠塞在潔凈區域內的物料存放室內拆除外包裝清點數量后移至膠塞處理室，用純化水清洗膠塞內包裝后投入清洗劑內進行漂洗、硅化、漂洗，然后滅菌干燥。
清洗后的膠塞進行蒸汽或輻射滅菌。凍干無菌藥品粗洗可采用細菌內毒素含量低的中國藥典標準的純化水，終淋洗采用注射用水。用熱的注射用水進行多次淋洗，能夠有效去除膠塞表面熱源物質，在膠塞處理過程中盡可能縮短清洗干燥和滅菌之間的時間間隔，因為膠塞上的水分有助于微生物生長和產生細菌內毒素，由于膠塞導熱性比較差，為了滅菌*，膠塞滅菌時特別注意膠塞的裝載情況。
一般的凍干工藝過程中，膠塞的處理工藝含有硅化程序。對膠塞進行硅化，有助于減少滅菌時的膠塞粘連與灌裝時的膠塞脫塞，要注意不斷的規劃可能帶來污染。膠塞硅化中用硅油應符合質量控制標準，不得對藥品的安全性質量和純度產生不良影響。
洗滌滅菌后的膠塞的纖維、白塊兒、白點等澄清度指標，尤其需要注意膠塞清洗內毒素的洗滌能力，要進行質量控制。膠塞不耐受足以分解去除細菌內毒素的高熱，含有的細菌內毒素是由清洗供應中無熱源的注射用水將其淋洗去除的，因此膠塞清洗滅菌后細菌內毒素是質量控制的一個重要指標。
洗滌滅菌后的膠塞的密封性應能防止微生物侵入。對于有損壞或有缺陷的產品，應將其剔除。
供應凍干聯動線配套設備，其中包含了膠塞清洗、滅菌設備。
